Berdasarkan Peraturan Bupati Fakfak Nomor 48 Tahun 2016, Dinas Perikanan dan Kelautan Kabupaten Fakfak mempunyai tugas membantu Bupati dalam melaksanakan urusan pemerintahan bidang Perikanan yang menjadi kewenangan Daerah Kabupaten, meliputi pemberdayaan nelayan kecil dan usaha kecil pembudidayaan ikan, penerbitan izin usaha pembudidayaan ikan, pengelolaan dan penyelenggaraan Tempat Pelelangan Ikan (TPI), serta pengelolaan pembudidayaan ikan.